Người vợ đầu tiên của Penn là ngôi sao ca nhạc Madonna. Cuộc hôn nhân của hai người đã thu hút sự chú ý của dư luận và khiến Penn thường xuyên nổi nóng với giới phóng viên. Hai người chia tay năm năm 1989. Sau Madonna, Penn có quan hệ tình cảm với Robin Wright, hai người có con đầu lòng, Dylan Frances, vào năm 1991. Sau khi có đứa con thứ hai, Hopper Jack, vào năm 1993, hai người mới tổ chức hôn lễ vào năm 1996. Cuối năm 2007, có tin rằng Penn chuẩn bị ly dị một lần nữa[8] tuy nhiên vụ ly dị đã được tạm ngừng vào tháng 4 năm 2008.[9]

Không chỉ là một nghệ sĩ điện ảnh, Penn còn là một nhà hoạt động chính trị tích cực. Ông đã từng nhiều lần chỉ trích chính sách của tổng thống George W. Bush[10], Penn cũng từng đến thăm Iran[11] và gặp chủ tịch Cuba Raúl Castro.[12] Sau khi bão Katrina xảy ra tháng 9 năm 2005, Penn đã tới New Orleans, Louisiana và tự mình tham gia các hoạt động cứu hộ.[13]